Μια από τις πιο αμφιλεγόμενες θεωρίες που έχουν προκαλέσει αντιδράσεις στον κόσμο της Χριστιανοσύνης είναι ότι ο Ιησούς διατηρούσε ερωτική σχέση με την Μαρία Μαγδαληνή. Αυτή η θεωρία πυροδοτήθηκε εκ νέου, μετά την κυκλοφορία του βιβλίου του Αμερικανού συγγραφέα Νταν Μπράουν «Κώδικας ντα Βίντσι», σύμφωνα με τον οποίο στο τραπέζι δίπλα στον Ιησού δεν κάθεται ο Ιωάννης, αλλά η Μαρία Μαγδαληνή.
Σύμφωνα με τους υποστηρικτές αυτής της θεωρίας, η εξήγηση βασίζεται στο γεγονός ότι είναι η μοναδική φιγούρα που δεν έχει εμφανή ανδρικά χαρακτηριστικά, όπως όλοι οι υπόλοιποι μαθητές του Χριστού. Υποστηρίζουν ότι οι φιγούρες του Χριστού και του Ιωάννη δημιουργούν ένα νοητό «Μ» ανάμεσά τους, το οποίο παραπέμπει στα αρχικά του ονόματος της Μαρίας Μαγδαληνής. Θεωρίες συνωμοσίας θέλουν τον Ιωάννη να είναι η Μαρία Μαγδαληνή. Η εκκλησία δεν το επιβεβαιώνει.
Ωστόσο, η εκκλησία, όπως και πολλοί επιστήμονες δεν αποδέχονται αυτή την εκδοχή και την θεωρούν ιστορία επιστημονικής φαντασίας, εξωφρενική και παντελώς ατεκμηρίωτη. Ανάμεσα σε αυτούς είναι και ο Ιταλός ερευνητής Μάριο Ταντέι. «Πριν από τον Λεονάρντο Ντα Βίντσι, υπήρχαν πολλοί καλλιτέχνες που δημιούργησαν τον Μυστικό Δείπνο. Όταν ο Λεονάρντο Ντα Βίντσι αποφάσισε να τον ζωγραφίσει, έπρεπε να ακολουθήσει κάποιους κανόνες. Έπρεπε να βάλει τους χαρακτήρες σε συγκεκριμένες θέσεις με συγκεκριμένα χαρακτηριστικά, ώστε οι άνθρωποι που θα έβλεπαν το έργο να μπορούν να αναγνωρίσουν τους Αποστόλους έναν προς έναν» ανέφερε ο ερευνητής στην ιστοσελίδα του Μουσείου Σμιθσόνιαν στην Ουάσινγκτον.
«Για παράδειγμα, ο Άγιος Πέτρος κρατά πάντα ένα μαχαίρι. Τον Ιούδα τον αναγνωρίζουμε επειδή σε όλες τις απεικονίσεις κρατά ένα πουγκί με χρήματα που συμβολίζει την προδοσία του. Έτσι, και ο Ιωάννης παρουσιάζεται νέος που από κάποιους τα χαρακτηριστικά του θεωρούνται θηλυπρεπή» εξήγησε.
Κώδικας Davinci 